楚雄市中医医院始建于1988年6月，是在原集体性质的鹿城镇医院的基础上翻牌成立的一所公益性中医医院。1998年10月在兼并市五金厂后，搬迁至信义街96号。

　　2006年7月19日，为了整合卫生资源，撤销了鹿城镇人民医院和楚雄市中医院，合并组建成立了楚雄市中医医院。2007年3月在原鹿城镇人民医院挂牌成立楚雄市中医医院北浦分院。

　　2011年11月，成立中大街针灸推拿风湿骨伤专科门诊。 

　　2013年，楚雄市委政府在东南新城18号路划拔建设用地35亩，省、州发改委已立项，今年将投入总资金4965万元，用于楚雄市中医医院的搬迁建设。预计2015年建成投入使用后，病床将增至200张，开展以老年病为主，针推、皮肤科为特色的专科医院。